A formação de recursos humanos em saúde é um diferencial do Hospital da Cidade, sobretudo, na área de Terapia Intensiva. O Hospital foi fundado no dia 18 de fevereiro do ano 2000 e com a parceria do Instituto Sócrates Guanaes foi instituída a primeira turma da Especialização Médica em Terapia Intensiva em 2001 credenciada pela Associação de Medicina Intensiva Brasileira-AMIB. Em 2002, nasceu a primeira turma de Residência em Enfermagem em Terapia Intensiva do Norte-Nordeste em parceira com a Universidade Federal da Bahia-UFBA. Em 2004, foi criada a Residência Médica em Medicina Intensiva e a Residência de Fisioterapia Pneumofuncional com Ênfase em Terapia Intensiva (hoje denominada Residência em Fisioterapia Hospitalar com Ênfase em Terapia Intensiva). No ano de 2008, surgiram os dois cursos de formação médica em cirurgia geral: Residência Médica em Cirurgia Geral e o Programa de Treinamento em Cirurgia Geral, credenciado pelo Colégio Brasileiro de Cirurgiões. No ano seguinte, deu-se início a primeira turma da Residência Médica em Clínica Médica.  Em 2014, deu-se início ao Curso de Qualificação em Clínica Médica, credenciado pela Sociedade Brasileira de Clínica Médica-SBCM. Nesse mesmo ano foi oficializada a parceria com a Universidade Federal do Recôncavo da Bahia-UFRB para campo de estágio da Residência de Nutrição em Nutrição Clínica.

O Hospital da Cidade e o Instituto Sócrates Guanaes, parceiros na formação de recursos humanos desde a fundação do Hospital, sempre realizaram projetos que tivessem o ensino em saúde como prioridade, por acreditarem que por meio da educação se faz um ambiente hospitalar mais humano e uma assistência melhor qualificada.

O Hospital da Cidade é cenário de prática tanto da Residência Médica quanto da Residência Multiprofisional e em Área Profissional de Saúde. A Residência tem sido o que  há de melhor na formação de saúde, pelo grau de qualificação dos seus egressos e pela inserção desses no mercado de trabalho, por isso a crescente demanda por cursos nesse formato de Ensino. O HC, desde o início, acreditou nessa premissa e hoje tem os Programas de Residências de Medicina Intensiva e de Enfermagem Intensiva com um dos mais altos índices de aprovação do Estado da Bahia, um orgulho para os seus fundadores e toda equipe de profissionais envolvida nesses cursos.

A partir de 2013, o Hospital da Cidade assumiu a gestão das suas atividades de ensino e pesquisa, sendo criado o Núcleo de Ensino e Pesquisa-NEP do HC. Nasceu com o desafio de ampliar o quantitativo de cursos e realizar novas parcerias, visando o aprimoramento constante dos profissionais de saúde, desde a formação técnica, graduação, pós-graduação no formato de Residência e extensão.

Atualmente, o Hospital da Cidade possui parcerias com 27 entidades envolvendo instituições de saúde, instituições de ensino superior e escolas técnicas.

Hoje, mais experiente e com a promoção constante do HC, o NEP  é lançado para o mundo, numa pretensão audaciosa de atingir um público cada vez maior e de proporcioná-lo o que há de melhor no ensino.

Em 2017 o setor criou sua plataforma digital de comunicação, proporcionando aos usuários da internet o acesso às informações relativas à formação em saúde, projetos envolvendo dicas de saúde, processos seletivos da área médica e cursos de extensão. Em 2018, realizou o I Simpósio de Cuidados ao Paciente Crítico do Hospital da Cidade, ocorrido durante o mês de setembro, sucesso de público, conteúdo e infraestrutura. Reuniu estudantes dos cursos em saúde, profissionais de diversos hospitais da capital, palestrantes de referencia e convidados de fora do estado. O evento foi noticiado em sites como: Aratu Oline, Bahia Notícias, Diga Salvador, Bahia no Minuto, Tudo News, Varela Notícas, dentre outros. 

O NEP fez parceria com grandes portais digitais do mercado e atingiu a marca de 60 mil visualizações só no Instagram e 23 mil visualizações no Facebook. Além disso, o NEP lançou o curso de Extensão em Enfermagem com Prática Hospitalar-CEEPH, com duas turmas em 2018  e encerrou o ano com mais de duzentos alunos na lista de espera. Outras ações foram desenvolvidas no setor, no intuito de sempre melhorar a qualidade do serviço prestado aos clientes internos e externos.

Em 2019, no dia 10 de janeiro, o NEP passou a se chamar NPEC-Núcleo de Pesquisa, Ensino e Comunicação, ampliando suas ações e passando a assumir a área de Comunicação do Hospital da Cidade. No lançamento da nova identidade visual, o NPEC apresentou sua projeção para o ano que envolve a divulgação da marca Hospital da Cidade, a prospecção de novos clientes, o marketing interno, ações para os colaboradores do Hospital e o gerenciamento dos projetos já existentes.